서울컬렉션의 행사 주관이 한국패션협회로 결정됐다. 서울컬렉션을 지난 11회까지는 한국패션협회(회장 원대연) 주도로 서울산업통상진흥원(대표 권오남) 산하 서울패션디자인센터와 공동 개최했다. 그러나 지난해부터 행사운영 주관 문제로 상호 의견차가 심해 상당한 진통이 있었으며, 최근 한국패션협회 내 서울컬렉션 운영위원회(위원장：원대연, 위원：SFAA, KFDA, NWS, 개인디자이너, 패션 전문가, 언론 등)를 구성해 운영하는 것으로 서울시와 한국패션협회가 합의했다. 패션협회 측은 “장기적으로 서울컬렉션을 세계적인 컬렉션으로 발전시키기 위해서는 중립적인 민간단체로서 객관적 입장을 가진 패션협회가 운영해야 한다. 또 패션 선진국인 프랑스, 이태리, 영국, 미국 등은 이미 민간 자립 운영의 기반을 잡고 세계적 컬렉션으로 자리잡고 있는 선례를 감안한 것”이라고 밝혔다. 또 협회 측은 “이를 계기로 개별적, 그룹별 이해관계를 떠나 국가적 차원에서 장기적으로 한국 패션의 세계화를 위해 전 패션산업 관계자들이 뜻을 모아 결정한 것은 상당히 고무적인 일”이라고 말했다. 이에 따라 2006년 봄 컬렉션은 행사준비 등 시간상 업무효율을 감안해 잠정적으로 업무를 분담하여 공동 주관하고, 2006년 가을부터는 한국패션협회가 협회 내 서울컬렉션 운영위원회를 구성하기로 결정했다. 정부와 서울시는 범국가적인 차원에서 ‘고부가가치 선진국형 문화창조 산업인 패션산업 육성’을 위해 최대한 지원하기로 했다.